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转录组重测序      

      转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。腺相关病毒包装原理腺相关病毒(adeno-associatedvirus,A***)是一类细小病毒,基铟组为单链DNA,对分裂细胞和非分裂细胞均具有gan染能力。转录组研究是***功能及***结构等研究的基础，通过新一代高通量测序，能够快速的获得某一物种特定***或在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于临床诊断、基础研究和研发等领域。

     转录组Resequencing针对的是有参考***组的物种。用新一代高通量测序技术对某物种的特定***或细胞进行转录组测序，与参考***组比较，可以得到***表达差异、可变剪接、融合***等遗传调控信息。

二、使用说明

1、装载探针

对于刺激时间较短（通常为2小时以内）的细胞，先装载探针，后用活性氧阳性对照及自己感兴趣的刺激细胞。对于细胞刺激

时间较长（通常为6小时以上）的细胞，先用活性氧阳性对照及自己感兴趣的刺激细胞，后装载探针。

原位装载探针：本方法仅适用于贴壁培养细胞。按照1：1000用无培养液稀释DCFH-DA，使终浓度为10微摩尔/升。去除细胞培养液，加入适当体积稀释好的DCFH-DA。miRNA在物种进化中相当保守，在动物、植物和***等中发现的miRNA表达均有严格的***特异性和时序性。加入的体积以能充分盖住细胞为宜，通常对于六孔板的一个孔加入稀释好的DCFH-DA的体积为1毫升。37℃细胞培养箱内孵育20分钟。用无细胞培养液洗涤细胞三次，以充分去除未进入细胞内的DCFH-DA。

1. 引物是如何合成的？

目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种, 主要都是由ABI/PE 公司生产，而Bioneer自行研制的384并行高通量DNA合成仪，可实现99%的高合成率。4、聚合完成后，SYBRGreen染料与双链产物结合，定量PCR系统检测到荧光的净增量加大。无论采用什么机器合成，合成的原理都相同，主要差别在于合成产率的高低，***消耗量的不同和单个循环用时的多少。

亚磷酰胺三酯法合成DNA，具有、快速的偶联以及起始反应物比较稳定的特点。亚磷酰胺三酯法是将DNA固定在固相载体上完成DNA链的合成的，合成的方向是由待合成引物的3′端向5′端合成的，相邻的核苷酸通过3′→5′磷酸二酯键连接。

步是将预先连接在固相载体CPG上的活性基团被保护的核苷酸与三氯反应，脱去其5′-羟基的保护基团DMT，获得游离的5′-羟基。

第二步，合成DNA的原料，亚磷酰胺保护核苷酸单体，与活化剂四氮唑混合，得到核苷亚磷酸活化中间体，它的3′端被活化，5′-羟基仍然被DMT保护，与溶液中游离的5′-羟基发生缩合反应。

第三步，带帽(capping)反应，缩合反应中可能有数5′-羟基没有参加反应(少于2%)，用酐和1-咪唑终止其后继续发生反应，这种短片段可以在纯化时分离掉。

第四步，在氧化剂碘的作用下，亚磷酰形式转变为更稳定的磷酸三酯。

经过以上四个步骤，一个脱氧核苷酸被连接到固相载体的核苷酸上。再以三氯脱去它的5′-羟基上的保护基团DMT，重复以上步骤，直到所有要求合成的碱基被接上去。合成过程中可以观察TCA处理阶段的颜色判定合成效率。

通过氨水高温处理，连接在CPG上的引物被切下来，通过OPC,和PAGE等手段纯化引物，成品引物用C18浓缩、脱盐，沉淀。沉淀后的引物用水悬浮，测定OD260定量，根据定单要求分装。